Το Πρόγραμμα Προπτυχιακών Σπουδών προβλέπει δεκαοκτώ πιστωτικές μονάδες (6×3=18ΠΜ) ή 24 (6 x 4 = 24 ECTS) για μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής. Ο φοιτητής έχει τη δυνατότητα να συμπληρώσει το πρόγραμμά του με μαθήματα τα οποία ανταποκρίνονται στα προσωπικά του ενδιαφέροντα πέρα από τις δεσμεύσεις που απορρέουν από τις δύο προηγούμενες κατηγορίες μαθημάτων (Υποχρεωτικά και Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικά, συμπεριλαμβανομένων και των μαθημάτων της Β΄ φάσης). Τα μαθήματα αυτά μπορεί να τα επιλέξει από τα προσφερόμενα μαθήματα Επιλογής του Τμήματος ή από μαθήματα άλλου Τμήματος του Πανεπιστημίου ή ακόμη και άλλων ΑΕΙ της ημεδαπής και του εξωτερικού μέσω του προγράμματος ERASMUS. Επίσης, προκειμένου να δοθεί η ευκαρία στους φοιτητές να επιλέξουν ένα μάθημα από τα Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικά μαθήματα το οποίο δεν μπόρεσε να επιλέξει ο φοιτητής λόγω του περιορισμένου αριθμού φοιτητών που μπορούν να το παρακολουθήσουν, ένας μικρός αριθμός φοιτητών (όχι πάνω από πέντε φοιτητές ανά μάθημα) θα μπορούσε να επιλέξει ένα από τα Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικά μαθήματα του Τμήματος ως μάθημα Ελεύθερης Επιλογής. Καθένα από τα μαθήματα αυτά δεν θα πρέπει σε καμία περίπτωση να έχει φόρτο εργασίας μικρότερο από 4 μονάδες ECTS, προκειμένου να αντιστοιχηθεί με ένα μάθημα Ελεύθερης Επιλογής για τη λήψη πτυχίου. Επισημαίνεται ότι ο φοιτητής δεν είναι υποχρεωμένος να καλύψει τις δεκαοκτώ πιστωτικές μονάδες με προαιρετικά μαθήματα από άλλα Τμήματα, αλλά ότι αυτή είναι μία επιπλέον δυνατότητα που του δίνεται, δεδομένου ότι μπορεί να επιλέξει και μαθήματα από τα Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικά προσφερόμενα.
Τα μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής μπορεί να επιλεγούν από 150 φοιτητές κατ’ ανώτατο όριο∙ ο αριθμός αυτός μπορεί να αυξηθεί, εφόσον το μάθημα επιλεγεί ως μάθημα Ελεύθερης Επιλογής από φοιτητές του Τμήματος ή άλλων Τμημάτων ή εφόσον τα προσφερόμενα μαθήματα στην κάθε κατηγορία δεν μπορούν να καλύψουν τον απαιτούμενο αριθμό θέσεων.
Θέση μαθήματος Ελεύθερης Επιλογής επέχει και η Πτυχιακή εργασία η οποία αντιστοιχεί προς τρία μαθήματα Ελεύθερης Επιλογής ή 12 ECTS.