Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικά (YE) είναι τα μαθήματα που κατατάσσονται σε τρεις μεγάλες κατηγορίες και προσφέρονται για να τα επιλέξει ο φοιτητής, με την υποχρέωση η επιλογή του αυτή να αντιστοιχεί σε έξι από τα μαθήματα της κάθε κατηγορίας (σύνολο: 18 μαθήματα). Οι κατηγορίες είναι οι εξής: α) Επιστήμες της Αγωγής, β) Ανθρωπιστικές Επιστήμες και η Διδακτική τους και γ) Θετικές Επιστήμες και η Διδακτική τους. Εφόσον επιλεγούν από το φοιτητή τα συγκεκριμένα μαθήματα με τον τρόπο που αναφέρεται παραπάνω, θεωρούνται στο εξής ως Υποχρεωτικά και κανένα δεν μπορεί να αντικατασταθεί από άλλο Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικό μάθημα. Εξαίρεση μπορεί να ισχύσει εφόσον κάποιο συγκεκριμένο μάθημα έχει πάψει πια να προσφέρεται, οπότε θα πρέπει να αντικατασταθεί από άλλο μάθημα της ίδιας κατηγορίας.

Τα Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικά (ΥΕ) μαθήματα αποβλέπουν στην εμβάθυνση σε επιμέρους θέματα και προβλήματα της επιστήμης αναφοράς τους και παράλληλα στη μύηση και εξοικείωση του φοιτητή με την ερευνητική διαδικασία. Για τον λόγο αυτόν έχουν κυρίως σεμιναριακή ή εργαστηριακή μορφή. Στα πλαίσια ενός τέτοιου μαθήματος οι φοιτητές αναλαμβάνουν την εκπόνηση γραπτών εργασιών και εισηγήσεων ή μικρές επιμέρους έρευνες, ατομικές ή συλλογικές, οι οποίες γίνονται είτε αυτοτελώς είτε στο πλαίσιο των ερευνητικών δραστηριοτήτων των διδασκόντων. Κάθε Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικό μάθημα μπορεί να επιλεγεί από 30 φοιτητές κατ’ ανώτατο όριο∙ ο αριθμός αυτός μπορεί να αυξηθεί, εφόσον το μάθημα επιλεγεί ως μάθημα Ελεύθερης Επιλογής από φοιτητές του Τμήματος ή άλλων Τμημάτων ή εφόσον τα προσφερόμενα μαθήματα στην κάθε κατηγορία δεν μπορούν να καλύψουν τον απαιτούμενο αριθμό θέσεων.

Στα τρία πρώτα εξάμηνα σπουδών δεν δίνεται η δυνατότητα για συμμετοχή σε Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικά μαθήματα, επειδή το πρόγραμμα αυτών των εξαμήνων καλύπτεται σε μεγάλη έκταση από Υποχρεωτικά Μαθήματα. Η δυνατότητα αυτή δίνεται για πρώτη φορά στο 3ο εξάμηνο. Εξάλλου αρκετά από τα μαθήματα αυτά προαπαιτούν την επιτυχή εξέταση σε αντίστοιχα Υποχρεωτικά μαθήματα. Σε περίπτωση αποτυχίας στις εξετάσεις ενός Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικού μαθήματος, ο φοιτητής που το είχε επιλέξει υποχρεούται να το παρακολουθήσει ξανά σε επόμενο εξάμηνο, εφόσον προσφέρεται. Μόνο στην περίπτωση που δεν προσφέρεται το μάθημα αυτό, είναι δυνατό να αντικατασταθεί από άλλο Κατ’ Επιλογήν Υποχρεωτικό μάθημα της ίδιας ομάδας μαθημάτων.